Neben dem Sammeln, Bewahren, Ausstellen und Vermitteln ist die Erforschung der eigenen Sammlungsbestände eine der Kernaufgaben der Museen. Archäologische Objekte aus dem Zentralen Fundarchiv werden dabei nicht nur im Rahmen interner Projekte bearbeitet, sondern vor allem auch externen WissenschaftlerInnen zur Verfügung gestellt.
Das Spektrum reicht dabei von der wissenschaftlichen Publikation einzelner Objekte über Materialbearbeitungen im Rahmen von Master- und Doktorarbeiten an Universitäten bis hin zu großen Drittmittelprojekten mit mehreren nationalen und internationalen Partnern. Solche Forschungsprojekte führen nicht nur zu neuen wissenschaftlichen Erkenntnissen, sondern bilden auch die Grundlage für Sonderausstellungen und Vermittlungsprogramme.